一般道だけでなく、都市交通の要である首都高速道路にも直接的な波及効果が及ぶ。コースと交差・隣接する首都高都心環状線（C1）および羽田線、深川線の一部の出入口において、車線の規制やランプ閉鎖が実施される見込みだ。これにより、下道を避けて高速へ逃げようとするトラックや一般車が特定の料金所に集中し、インターチェンジ周辺で深刻な自然渋滞を引き起こす。
特に箱崎ジャンクション周辺や呉服橋、江戸橋出入口付近は、下道の通行規制と相まって入退出が著しく制限される。現場の交通機動隊や整理員による誘導が徹底されるものの、通過には普段の数倍の時間を要するため、埼玉県や神奈川県方面から都心を経由して都外へ抜ける長距離車両は、外環道や中央環状線（C2）への大きく広域な迂回が推奨される。
