専門学校進学で避けて通れないのが学費の問題です。横浜デジタルアーツ専門学校の初年度納入金は、学科によって若干異なるものの、およそ120万円〜140万円前後が目安となります。これに加えて教材費や個人で使用するPC・ソフトウェアの導入費用が必要となります。
決して安価な金額ではありませんが、同学では学生の経済的負担を軽減するための多様な支援制度が整えられています。
代表的なものが、岩崎学園独自の「特待生制度」や「学費免除制度」です。出願時の選考や作品審査、面接の結果に応じて、授業料の一部（数十万円規模）が免除される仕組みが導入されています。さらに、国の「高等教育の修学支援新制度（授業料減免＋給付型奨学金）」の対象校にも認定されているため、要件を満たす世帯であれば大幅な自己負担の軽減が期待できます。
