実践学園を語る上で欠かせないのが、全国大会で常に上位を争う超強豪部活動の存在です。中野区という都心エリアに立地しながら、卓越した指導陣と専用施設を備え、数多くのトップアスリートを輩出しています。
筆頭に挙げられるのが卓球部です。全国高校総体（インターハイ）や全国選抜大会において団体優勝・上位入賞の常連であり、日本代表選手やTリーグで活躍するプロ選手を多数育成してきました。中高一貫で磨き抜かれる技術と戦術眼は、全国の卓球指導者からも一目置かれています。
また、男子バスケットボール部も東京都代表としてウィンターカップやインターハイの全国舞台で幾度となく名勝負を繰り広げている名門です。高さを生かした組織的なディフェンスとスピーディーな攻撃展開は都内トップクラスの完成度を誇ります。さらにサッカー部も東京都高校サッカー選手権予選で上位進出を果たす実力派であり、人工芝の広大な専用グラウンド（八王子・高尾研修センター等）を活用した充実の練習環境が整えられています。
ここで重要なのは、「強豪部活の選手だけが優遇されているわけではない」という点です。学校全体として文武両道を掲げており、一般生徒が所属する文化部やバドミントン部、陸上部なども熱心に活動しています。アスリートたちの真剣な姿勢が校内全体の活気と規律ある空気感を生み出す好循環となっています。
