JR札幌病院を初めて受診する際、まず押さえておきたいのが外来予約の仕組みと紹介状の有無による違いです。同院は地域医療支援病院としての役割を担っており、地域の診療所・クリニックと密接に連携した高度医療を提供しています。
原則として、初診時にはかかりつけ医からの紹介状（診療情報提供書）を用意し、かかりつけ医療機関経由または患者自身で事前予約を行う流れが基本となります。紹介状を持たずに直接来院して受診することも一部診療科で可能ですが、その場合は診察料とは別に選定療養費として7,700円（税込）の自己負担が発生します。これは大病院への患者集中を防ぎ、重症患者へ迅速に対応するための国の一律制度です。
予約の取得や変更に関しては、専用の電話番号・予約変更ダイヤルが設置されています。診療科によって予約受付時間や対応曜日が細かく分かれているため、直前のキャンセルや日時変更を希望する場合は、平日の受付時間帯（午前9時〜午後4時前後）に余裕を持って連絡することが求められます。
