戸隠神社は単一の社殿堂ではなく、奥社（おくしゃ）・中社（ちゅうしゃ）・宝光社（ほうこうしゃ）・九頭龍社（くずりゅうしゃ）・火之御子社（ひのみこしゃ）の五社から成り立っています。これらをすべて参拝する「戸隠神社五社巡り」を達成することで、調和のとれた絶大な神徳を授かると信仰されてきました。
古くから伝わる戸隠神社参拝の正しい順番は、山裾から神山へと登っていく以下のルートです。
- 宝光社（ほうこうしゃ）：開拓・厄除け・学問の神。270段を超える石段が参拝者を迎え、五社巡りの導入となる。
- 火之御子社（ひのみこしゃ）：芸能・縁結びの神。天照那美命（あめのうずめのみこと）を祀り、古道「神道」の静寂の中に佇む。
- 中社（ちゅうしゃ）：知恵・学問・家内安全の神。樹齢700年を超える御神木がそびえ、周辺には宿坊や名物の戸隠そば店が軒を連ねる拠点。
- 九頭龍社（くずりゅうしゃ）：水を司る地主神・雨乞い・縁結び・虫歯の神。奥社のすぐ隣に鎮座する古社。
- 奥社（おくしゃ）：天手力雄命（あめのたぢからおのみこと）を祀る最高峰の本宮。開運・心願成就・五穀豊穣の象徴。
参拝にかかる所要時間の目安は、移動手段によって大きく異なります。全行程を徒歩道（戸隠古道）で結ぶ場合、歩行距離は約10キロメートル、参拝時間を含めて約4時間から4時間半を要します。一方、各拠点を自家用車や路線バスで移動する場合でも、奥社参道の往復徒歩（約80分）と各社の参拝・石段の昇降を合わせると、最低でも2時間半から3時間のスケジュール確保が不可欠です。
