チェジュ航空の国際線におけるオンラインチェックインは、出発予定時刻の24時間前から1時間30分（90分）前まで利用可能です。国内線（韓国国内線）の場合は24時間前から30分前まで対応していますが、日本発着の便を利用する場合は90分前が最終リミットとなります。
手続きは、チェジュ航空の公式アプリまたは公式サイトのブラウザ画面から行います。ログインしなくても「予約番号（英数字6桁）」と「搭乗者氏名（パスポート表記のローマ字）」、「搭乗日」を入力すれば、チェジュ航空の予約確認画面から航空券を呼び出して手続きを進めることができます。
完了後に発行されるチェジュ航空のモバイル搭乗券（二次元バーコード）をスマートフォンの画面に保存、あるいはApple Wallet等に追加しておけば、預け手荷物がない乗客は空港到着後にチェックインカウンターへ立ち寄ることなく、そのまま保安検査場へ直行できます。
