多くの参拝者が抱く最初の疑問が、「島根の本社と東京分祠の違い」です。結論から言えば、神道における「御分霊（ごぶんれい）」の教義上、神格やご利益の大きさに優劣は一切存在しません。火を分ける「分灯」と同じく、本社の霊威がそのまま分祠へと宿っているためです。
歴史を紐解くと、出雲大社東京分祠の起源は明治時代初期に遡ります。明治11年（1878年）、出雲大社第80代宮司である千家尊福（せんげたかとみ）卿が、東京および東日本における神道布教と出雲大社の崇敬普及を目指し、神田神社社務所内に「神道事務局出雲出張所」を開設したのが始まりです。その後、麹町区下総町、麻布笄町（現在の港区西麻布）などを経て、明治16年（1883年）に現在の麻布六本木の地へと遷座しました。
第二次世界大戦の戦災による焼失を乗り越え、平成5年（1993年）に現在の近代的な鉄筋コンクリート造の社殿へと生まれ変わりました。この「ビル型神社」という構造は、都心の防火基準や限られた土地の有効活用という都市工学的要請に応えた先進的な形態であり、伝統と現代都市の共生を示す象徴的な建築として神社建築史の観点からも極めて高く評価されています。
