単なる総合病院にとどまらず、特殊かつ高度な医療機能を一手に引き受けている点も見逃せない。その代表格が「総合周産期母子医療センター」としての機能だ。ハイリスク妊娠や極低出生体重児の集中管理に対応できる設備と専任医師が常駐し、道南全域の母子医療を支えている。
さらに、大規模地震や自然災害の発生時に医療救護の中核となる「災害拠点病院」としての重責も担う。災害派遣医療チーム（DMAT）を常時編成し、有事の際には迅速に被災地へ出動できる機動力を保持している。
がん診療連携拠点病院としての先進治療や、高精度な放射線治療機器、低侵襲な内視鏡手術など、地方にありながら大都市圏に引けを取らない高水準な医療環境が整備されていることは、函館市および周辺自治体に住む人々にとって絶大な安心材料といえる。
