上野東京ラインを利用する上で把握しておきたいのが、列車種別ごとの上野東京ラインの停車駅です。中心区間（上野—東京—品川）はすべての普通・快速列車が各駅に停車しますが、郊外区間に入ると種別によって通過駅が発生します。
1. 宇都宮線・高崎線 ⇔ 東海道線系統
中心区間（上野・東京・新橋・品川・川崎・横浜）は共通停車です。高崎線内では「快速アーバン」、宇都宮線内では「快速ラビット」が運行されており、大宮以北の一部主要駅にのみ停車します。東海道線内での「快速アクティー」は現在普通列車へ統合されたため、東海道線区間は基本的に全駅停車（辻堂、二宮、大磯等も停車）となります。
2. 常磐線直通系統（品川発着）
常磐線直通の停車駅は、品川駅・新橋駅・東京駅・上野駅を経て、日暮里・三河島・南千住・北千住・松戸・柏・我孫子・取手方面へと延びています。特急「ひたち」「ときわ」も品川駅発着となっており、東京駅や品川駅から水戸・いわき方面へのダイレクトアクセスが可能です。なお、常磐線快速列車は新橋駅・品川駅にも停車しますが、各駅停車（千代田線直通）は上野東京ラインには乗り入れません。
