名前に「寿司」と付いているため、酢飯を使っていると思われがちですが、伝統的なめはり寿司は炊きたての白米や麦飯を用います。寿司飯ではなく普通の温かいご飯を使う点が、一般的な寿司やおにぎりと一線を画す大きな特徴です。
味付けの主役は、ご飯に混ぜ込む刻み高菜と、葉に塗る特製の醤油ダレや出汁醤油です。酢を使わないにもかかわらず「寿司」と呼ばれる背景には、高菜漬けが自然発酵によって程よい酸味を帯びていたことや、ハレの日のごちそうとして「寿司」の呼び名が定着した歴史的経緯があります。現在では一部の店舗や家庭でさっぱりとした酢飯仕立てが作られることもありますが、基本は醤油ベースの温かいご飯が本流です。