オリンピックメダリストの手取り総額を決定づける最大の要因は、JOC報奨金ではなく各中央競技団体（NF）が独自に設けている上乗せ報奨金です。競技団体のスポンサー獲得能力や競技人口、テレビ放映権収入の多寡によって、メダリストへの還元額には極めて大きな格差が存在します。
代表的な例が日本陸上競技連盟（日本陸連）です。日本陸連では、オリンピックで金メダルを獲得した選手に対し、連盟独自で最大2,000万円の報奨金を設定しています。これにより、JOCの500万円と合わせるだけで最低でも2,500万円が確定します。さらにマラソン種目などで日本新記録を樹立して優勝した場合には、実業団連合からの特別ボーナスなどが加算され、1大会で5,000万円近くの報酬を手にするケースも珍しくありません。
競泳を統括する日本水泳連盟（日本水連）も手厚い支援体制を敷いており、金メダリストには連盟から500万円が支給され、JOC分と合算して1,000万円の大台に乗ります。日本バドミントン協会も金メダルに1,000万円、日本自転車競技連盟もトラック種目などで手厚いインセンティブを提示するなど、プロ化や商業化が進む競技では億単位の強化資金を背景とした高額設定が目立ちます。
一方で、商業的露出の少ないマイナー競技や、競技団体の財政基盤が脆弱な組織では、連盟独自の上乗せ金が数十万円程度にとどまるか、あるいは「上乗せゼロ（JOCの500万円のみ）」という厳しい現実が存在します。同じ金メダルを獲得しながらも、競技種目によって競技生活の維持にかかる経済的リターンが何倍も異なるという構造的な課題は、現場のアスリートからも度々指摘されている問題です。
