「JRの回数券は完全にこの世から消滅した」と誤解されがちですが、実は現在も窓口で販売が継続されている限定的な回数券が存在します。社会的配慮が必要な利用者向けの制度は、しっかりと維持されています。
代表的なものが、身体障害者用回数乗車券および知的障害者用回数乗車券です。第1種障害者または第2種障害者の単独利用（片道100kmを超える区間）、あるいは介護者と同伴で利用する場合に限り、割引運賃が適用された回数券が購入可能です。また、通学定期券の対象とならない通信制学校のスクーリング通学などを支援する通学用割引普通回数乗車券も発売が継続されています。
一般向けの普通回数乗車券の有効期限は「発売日から3ヶ月」と定められていたため、一般の利用者が手元に持つ回数券はとっくに有効期限を迎えています。もし現在も引き出しの奥から未使用の古い回数券が出てきた場合、すでに有効期限を過ぎた券片は使用できませんが、購入時の領収書や券面の残日数（有効期間内であった期間）によっては所定の手数料（220円）を差し引いた上でJR西日本やJR東日本などの窓口で払い戻しを受けられるケースもあります。気になる場合は最寄りのみどりの窓口へ持参して確認するのが賢明です。
