秩父鉄道行田市駅の運行ダイヤは、地域住民の通勤通学および観光需要に合わせて最適化されています。熊谷・寄居・三峰口方面および羽生方面ともに、日中時間帯（10時〜15時台）は1時間に2〜3本程度（約20〜30分間隔）で運行されています。平日の朝夕ラッシュ時には毎時3〜4本が確保されており、地方幹線私鉄としては安定した運行頻度を維持しています。
交通系ICカード（PASMO・Suicaなど）は秩父鉄道全線で利用可能となっており、改札口に設置された簡易ICリーダーにタッチするだけでスムーズに入出場できます。ただし、JR線との連絡改札や中間乗り換え駅（熊谷駅・羽生駅）では一度改札機を正しくタッチして精算を成立させる必要があります。
構内設備においては、島式ホーム1面2線を有する橋上駅舎となっており、南北をつなぐ自由通路が設置されています。バリアフリー設備としてエレベーターが配備されており、車椅子や大型ベビーカーを利用する乗客も安心して改札階およびホームへ移動できる環境が整っています。多機能トイレも整備されており、シニア層やファミリー層の受入態勢は万全です。
