ドーム来場に際して、事前の下調べ不足によって最も多くの初訪問者が後悔するのが、隣接する大型商業施設「MARK IS 福岡ももち（マークイズ福岡ももち）」の駐車場特別料金ルールです。
同施設では、ドームでのイベント開催日に近隣の交通渋滞緩和および商業利用者の駐車スペース確保を目的に「特別料金日」が設定されます。この日に駐車し、所定の解除手続きを怠った場合、通常の駐車料金に加えて一律7,000円（税込）という高額な特別料金が課金される仕組みになっています。マークイズ内で一定金額以上の買い物をし、館内設置の発券機や専用カウンターで「駐車券の特別料金解除認証」を受ければこの加算は免除されますが、これを知らずに「ドームのすぐ隣だから」と安易に車を停め、精算機の前で高額請求に青ざめるドライバーが後を絶ちません。
さらに、みずほPayPayドーム福岡の大きな特徴である「ルーフオープン（屋根開放）開催」の決定メカニズムにも、知られざる基準が存在します。
「今日は晴れているのになぜ屋根が開かないのか」という疑問の声をネット上で頻繁に見かけますが、開閉の判断は単なる「晴天」だけでは決まりません。球団の公式運用基準および安全管理規定によると、「風速（地上・上空ともに概ね5m/s以下）」「降水確率」「降雨の兆候」「気温」のすべてが厳格な閾値をクリアしている必要があります。巨大な金属製屋根を開閉する作業には約20分を要し、莫大な電力と安全確認コストが発生するため、少しでも急変のリスクがある天候下では安全を最優先してドームは閉じたまま維持されるのが現実です。また、特別企画「ルーフオープンシリーズ」や試合勝利後の花火演出に伴う一時開放など、明確な興行目的が組み込まれている日程以外では、日常的に屋根が開くことは極めて稀な運用となっています。
