公共交通機関を利用する場合、神戸電鉄公園都市線「フラワータウン駅」が最寄り駅となります。改札を出て歩道橋（ペデストリアンデッキ）を進むと、徒歩約5分で段差なくスムーズに入館可能です。新三田駅や三ノ宮駅からの直通高速バスも運行されており、都市部からのアクセスも良好です。
自動車利用の場合、中国自動車道「神戸三田IC」または六甲北有料道路「長尾ランプ」から約5〜10分の距離に位置します。注意点として、博物館専用の無料駐車場は設けられていません。車で来館する際は、隣接する商業施設（フローラ88跡地周辺）の有料駐車場や、近隣のコインパーキング、三田サミットホテル周辺パーキングなどを利用する形となります。周辺駐車場の相場は1時間100円〜200円、当日最大500円〜800円前後と良心的な価格帯です。
館内での食事に関しては、4階ラウンジや指定の休憩スペースに限り、持参したお弁当の飲食が認められています。天気が良い日は深田公園の芝生にレジャーシートを広げてピクニックを楽しむファミリーで賑わいます。外食を希望する場合は、フラワータウン駅周辺のカフェ・ファミレス、または車で10分ほどの「神戸三田プレミアム・アウトレット」周辺まで足を伸ばすと選択肢が一気に広がります。
