私立高校への進学で避けて通れないのが費用の問題です。帝京長岡高校の学費・授業料は、新潟県内の私立高校における標準的な水準に設定されています。
国の「高等学校等就学支援金」や県の学費軽減補助制度を利用することで、世帯年収に応じた実質負担額の大幅な軽減が可能です。特待生制度（学業特待・スポーツ特待）を獲得した場合は、入学金や授業料の全額・半額免除措置が適用されるケースもあります。
また、全国からトップアスリートが集まるため、寮生活の環境と費用も整備されています。学校近隣に男子寮・運動部寮が完備されており、専任の寮母や管理スタッフによる栄養バランスの取れた食事が3食提供されます。寮費（宿泊費・食費・光熱水費等を含む）は月額およそ6万〜8万円前後が相場となっており、遠方から安心して送り出せる生活基盤が整っています。
