秘密保持を最優先とする黒の組織では、失敗や裏切りに対して容赦のない「粛清」が行われます。これまでに作中で退場した主な関係者を整理します。
【黒の組織の主な死亡者・離脱者】
・宮野明美：シェリーの姉。妹を組織から連れ出すための強盗計画を成功させるも、ジンに欺かれ射殺される。
・ピスコ（枡山憲三）：経済界の大物で烏丸に長年仕えた重鎮。暗殺現場をカメラに撮られる失態を犯し、ボスの命令を受けたジンによって射殺。
・カルバドス：ベルモットに心酔していたスナイパー。満月事件で赤井秀一に両足を折られ、逃亡不可能となり拳銃自殺。
・アイリッシュ（劇場版）：ジンのやり方に反発し、コナンの正体を見抜くもジンのヘリ掃射からコナンを庇って死亡。
・キュラソー（劇場版）：ラムの右腕だった記憶保持者。少年探偵団との交流で心境が変化し、組織を裏切って自らの命と引き換えに人々を救う。
・テキーラ：関西弁の大男。ゲーム会社での取引現場で手違いの爆発に巻き込まれ即死。
・楠田陸道：杯戸中央病院に潜入した末端構成員。赤井秀一の追跡を受け車内で拳銃自殺（遺体は赤井の偽装死に利用される）。
このように、ジンによる冷徹な粛清と、土壇場での人間性の回復による離脱が繰り返されており、組織の基盤は内側から確実に削られつつあります。
