手足口病における最大の落とし穴は、「発疹が消えても感染力が長期間持続する」という点にあります。感染経路は主に、咳やくしゃみによる「飛沫感染」、水疱の液や粘膜に触れる「接触感染」、そして便に含まれるウイルスが手を介して口に入る「糞口感染」の3つです。
手足口病がうつる時期のピークは、発熱や発疹が出始めた「発症初期の数日間」です。喉の粘膜や水疱内に大量のウイルスが存在するため、強い感染力を持ちます。その後、手足口病が治るまでの期間はおよそ1週間から10日前後であり、発疹はかさぶたにならず自然と褐色に薄れて消失していきます。
注意すべきは、症状が完全に落ち着いた後も、呼吸器（唾液・鼻水）からは1〜2週間、便の中からは2〜4週間にわたってウイルスが排泄され続けるという事実です。本人の体調が回復したからといって感染リスクがゼロになったわけではないため、特にオムツ交換後の手洗いは長期間徹底しなければなりません。
