ほくろの大きさ、深さ、盛り上がりの有無によって選ばれる施術法が異なり、それに伴って回復までの期間や傷跡の形状も変化します。
平坦なほくろや比較的小さな病変に広く用いられる炭酸ガスレーザーの経過は、熱エネルギーで組織を蒸散させるため出血が極めて少なく、回復が早いのが特徴です。削る深さが浅い場合は1週間前後で上皮化し、ダウンタイム期間も短く抑えられます。
直径3mm〜5mm程度で根が深いほくろに適したほくろのくり抜き法の経過では、円筒状のメスでほくろ組織を深部ごとくり抜きます。縫合せずに自然治癒を待つため、術後は丸い穴が開いたような凹みが目立ちますが、約2〜3週間かけて底から肉芽が盛り上がり、傷跡が徐々に縮小していきます。
直径5mmを超える巨大なものや悪性の鑑別が必要な場合には切開手術が選択されます。ほくろ周囲を木の葉状に切開して縫合するため、抜糸後（通常5〜7日目）には細い一本の線状の傷跡が残ります。抜糸直後は傷がまだ開きやすいため、創部へのテンションを和らげるテープ固定を数ヶ月継続することが推奨されます。
