新宿駅が「ダンジョン」と称される最大の理由は、単に面積が広いからではありません。大正から昭和、平成、令和にかけて、各鉄道事業者が個別に拡張と増改築を繰り返した「継ぎ足し建築」の歴史に本質的な原因が存在します。
駅の立地自体が武蔵野台地の東端という傾斜地に位置しており、東口側と西口側、南口側で地面の高さが大きく異なります。南口改札が甲州街道（高架部）に面して「地上2階相当」の高さにあるのに対し、東口・西口の地上改札は1階に位置し、地下通路は地下1階から地下7階まで垂直方向に大きく広がっています。この立体的な高低差のズレが人間の空間認識を狂わせる根本要因となっています。
特に顕著な例が、都営大江戸線新宿駅深い理由として知られる地下構造です。大江戸線ホームは地下7階（地表から約37メートルの深さ）に位置しており、JR線や私鉄各線のさらに下、既存のインフラ設備や地下水脈を避ける形で設計されました。このため、大江戸線から地上や他社線へ向かうには、複数のエスカレーターを乗り継ぐだけで5分〜8分以上を要する構造的ボトルネックが生じています。
