かつて福岡市中央区地行浜（唐人町エリア）に位置していた同院は、2014年11月に現在の東区・香椎照葉（アイランドシティ）へと全面移転しました。福岡市立こども病院が移転した理由の根底には、旧病院の施設老朽化、狭隘化に加え、高度化する小児・周産期医療に対応するためのスペース確保と、大規模災害時にも医療を継続できる免震構造の導入がありました。
移転によってNICU（新生児集中治療室）やGCU（回復期治療室）、九州屈指のPICU（小児集中治療室）が大幅に拡充され、胎児期から新生児、小児期に至るシームレスな高度集中治療が可能となりました。
特に全国レベルで高い評価を得ているのが福岡市立こども病院の小児循環器科および小児心臓血管外科です。先天性心疾患に対するカテーテル治療や複雑心奇形の手術実績は国内有数の規模を誇り、九州・沖縄のみならず西日本全域から重症患児が搬送されています。高度な技術を持つ専門医集団が24時間体制で連携し、難治性疾患に立ち向かう強固なチーム医療体制が確立されています。
