旅費を賢く抑える上で把握しておきたいのが、国道九四フェリーの2026年最新運賃と各種割引制度です。運賃は旅客運賃と車両航送運賃（運転手1名の旅客運賃を含む）に分かれており、車長（3m未満から順に設定）に応じて細かく区分されています。
少しでも出費を抑えたいなら、公式インターネット予約システム経由での手続きが最もスムーズです。Web事前予約による割引や、往復利用時に適用される往復割引（復路運賃の割引適用など）を組み合わせることで、窓口での当日購入よりも確実にお得なプライスで利用できます。JAF会員優待などの各種提携割引も存在しますが、割引の重複適用はできないため、自身の利用形態に合わせた最安プランを選択することが肝要です。
乗船手続きをスムーズに進めるための重要ポイントが、九四フェリー利用時の車検証提示に関するルールです。Web予約時に車台番号や正確な車両サイズ（車長・車幅）を登録していれば発券機でスピーディーに完了するケースが増えているものの、登録内容と実際の車長に差異がないか確認するため、係員から車検証の提示を求められる場面があります。車内に必ず車検証（電子車検証の場合は閲覧アプリまたは自動車検査証記録事項）を準備しておきましょう。
また、ツーリング層に人気の九四フェリーにおけるバイク予約方法にも注意が必要です。二輪車（原付・自動二輪）の積載スペースは四輪車以上に台数制限が厳格に設けられています。インターネット予約枠が埋まるスピードが早いため、四国ツーリングや九州ツーリングの旅程が決まり次第、最優先で二輪専用枠を押さえるのが鉄則です。
