現代のコウモリ学（翼手目研究）において、この大型翼手類は生態系のキーストーン種として再定義されている。イチジクをはじめとする原生林の主要樹種は、彼らのような大型飛行動物による長距離の種子散布がなければ世代交代を維持できない。彼らの消失は、森林そのものの崩壊へと直結する。
国際自然保護連合（IUCN）はフィリピンオオコウモリを絶滅危惧種（Endangered）に指定し、厳格なレッドリスト管理下に置いている。野生動物保護・生物多様性の保全運動は今、単に一種類の珍しい生物を守るフェーズから、島嶼部の原生林エコシステム全体を包括的にゾーニング保護する新たなアプローチへとシフトしている。
