小保方氏の歩みを語る上で避けて通れないのが、STAP細胞事件の真相と学術的処分の行方です。2014年1月に発表された「万能細胞」は瞬く間に世界的な称賛を浴びましたが、直後から論文内の画像データの切り貼りや酷似疑惑が指摘され、事態は急転直下しました。
理化学研究所による再現実験でもSTAP現象を確認することはできず、論文は撤回。さらに、彼女が取得していた早稲田大学大学院の博士論文においても不適切な引用や改変が認定され、2015年に正式に博士号が取り消される事態となりました。科学界を巻き込んだ未曾有の騒動は、日本の研究倫理やチェック体制を根本から見直す契機となりました。