熊本市中央区の中心地に位置するため、公共交通機関でのアクセスは非常に優れています。熊本都市バスや産交バスの「熊本医療センター」バス停が敷地至近にあるほか、熊本市電（路面電車）の「花畑町」や「熊本城・市役所前」電停からも徒歩圏内です。
車で来院する場合、敷地内に広大な有料駐車場が整備されています。外来受診患者や入退院の付き添いであれば、院内の認証機に駐車券を通すことで割引料金（数時間あたり100円〜数百円程度）で利用可能です。ただし、周辺は熊本城の観光エリアと重複しているため、土日祝日や連休前後は周辺道路が混雑しやすい点に留意してください。
