長距離フェリーの乗船は、飛行機や新幹線とは異なる独特のオペレーションが存在します。特にマイカーやバイクを持ち込む「車両航送」と、手荷物のみで乗る「徒歩乗船」では集合締め切り時間が明確に分かれています。
小樽〜舞鶴間のフェリー乗船手続きおよび新潟便の手続きでは、インターネット予約時に発行される「QRコード（e乗船券）」を用いたスマートチェックインが主流化しています。予約決済が完了していれば、ターミナル窓口に並ぶことなく、無人発券機や直接の乗船ゲートタッチで搭乗手続きが完了します。ただし、以下のケースでは必ず有人窓口での受付が必要となります。
- 車検証の提示を求められる特殊車両・キャンピングカー・低床改造車
- ペット同伴乗船で専用ケージや同伴部屋を利用する場合
- 各種割引証（障がい者割引、学生割引、提携会員証など）の現物確認が必要な予約
車両同乗者に関するルールも見落としがちな盲点です。現在、車両甲板の安全確保および動線分離のため、「運転手以外の同乗者は車両に乗ったまま乗下船できず、旅客用ボーディングブリッジから徒歩で乗船する」運用が徹底されています。家族や友人と一緒にドライブしてきた場合でも、ターミナル駐車場で一時降車し、同乗者はターミナル待合ロビーから乗船口へ向かわなければなりません。出港直前に慌てないよう、あらかじめ同乗者の手荷物を車内から取り出しておく配慮が不可欠です。
