南北線の運賃体系は、乗車距離に応じた対キロ区間制（1区〜6区）となっています。初乗り運賃（1区：3kmまで）は大人210円、最長区間（6区：18km超）は大人380円です（※最新運賃区分に準拠）。
乗車時の決済においては、札幌市交通局が発行する交通系ICカード「SAPICA（サピカ）」を利用することで、運賃の10%がSAPICAポイントとして自動還元されます。貯まったポイントは自動的に運賃支払いに充当されるため、日常的に南北線を利用する札幌市民にとって実質的な運賃割引として非常に有利です。
なお、Kitaca、Suica、PASMOなどの全国相互利用対応ICカードも南北線全駅の自動改札機でそのままタッチ利用が可能です。ただし、全国相互利用ICカードにはSAPICAの10%ポイント還元は適用されないため、短期滞在の観光客は手持ちのSuica等を利用し、長期滞在や通勤・通学者はSAPICA定期券を作成するのが最も賢明な選択となります。
