多くのファンが最も注視しているのが、ガンダムSEED FREEDOM ZERO あらすじの核心と、それがどの時間軸に位置づけられているのかという点です。公式ティザーおよびスタッフの断片的なコメントから導き出される時代設定は、コズミック・イラ（C.E.）74年の「メサイア攻防戦」終結から、C.E.75年の劇場版冒頭に至る約1年間の空白期です。
劇場版を鑑賞した観客の多くが抱いた疑問——「なぜキラ・ヤマトはあれほどまでに疲弊し、精神的に追い詰められていたのか」「ラクス・クラインを初代総裁とする世界平和監視機構コンパスはどのような政治的妥協の末に結成されたのか」「アグネス・ギーベンラートはなぜあれほど周囲に不満を募らせていたのか」。これら未解決の問いに対する回答こそが、SEED FREEDOM ZERO 前日譚として描かれるストーリーの根幹を成しています。
劇中では、地球連合軍とザフト軍の停戦合意後も各地で頻発する過激派の武装蜂起や、ブルーコスモス残党を追う過酷な治安維持任務が克明に描かれる見込みです。戦火を止めるために出撃を重ねるも、一向に平和が訪れない不条理の中で、キラが抱え込んだ孤独と責任の重圧。その深層心理を紐解くドラマは、前作の感動をより重層的なものへと昇華させる決定的なエピソードとなるはずです。
