「偏差値40〜50台の学校なら、大学進学実績もそれなりなのではないか」という疑念を持つ読者も少なくありません。しかし、啓明学園の進学実績の詳細まとめを丹念に精査すると、一般的な受験特化型進学校とはまったく異なる実績構造が見えてきます。
卒業生の進路における決定的な強みは、国際基督教大学（ICU）、上智大学、早稲田大学、慶應義塾大学をはじめとする難関私立大への合格率です。これらの大学では近年、一般選抜枠が絞り込まれ、総合型選抜（旧AO入試）や学校推薦型選抜の比重が急速に高まっています。啓明学園の生徒は、高度な英語運用能力と海外経験、そして校内で培った独自の探究活動実績をポートフォリオとして武器にできるため、総合型選抜において極めて高い勝率を収めています。
また、指定校推薦枠の充実度も特筆に値します。伝統的なキリスト教主義学校やプロテスタント系大学とのパイプも太く、キリスト教大学同盟関係校への推薦枠を豊富に有しています。さらに、北米や欧州、アジア圏の海外大学へ直接進学する生徒が毎年のように現れる点は、一般的な進学校には見られない啓明学園ならではの強固な教育基盤の証左です。
