千日回峰行のなかでも、最も恐ろしい試練とされるのが「堂入り」である。700日を走破した行者だけに許されるこの儀式は、比叡山無動寺谷の明王堂に籠もり、9日間（丸7日半以上）にわたって一切の食糧、水分、睡眠、横になること（不臥）を断ち切る。
行者はひたすら不動明王の真言を唱え続ける。体内の水分は蒸発し、皮膚は乾燥して骨が浮き出る。息からは独特の臭いが漂い、五感は異常なほど研ぎ澄まされていく。毎夜午前2時、行者は不動明王に捧げる閼伽水を汲むため、井戸へと足を進める。その姿は自らの葬列を歩むかのようであり、文字通り「生き仏」へと変貌を遂げる脱皮のプロセスなのだ。この堂入りを無事成し遂げて初めて、行者は当体生仏の「阿闍梨」という称号を授与される。
