MEGAドン・キホーテ函館店の最大の強みは、早朝から深夜までカバーする圧倒的な営業時間設定にあります。直営売場の営業時間は朝8:00〜翌朝1:00となっており、出勤前の買い物から深夜の突発的な買い出しまで柔軟に対応しています。ただし、施設全体が一斉に開閉するわけではなく、フロアやテナントごとに稼働時間が明確に分かれている点に注意が必要です。
調剤・第一類医薬品などを扱う「薬局・医薬品カウンター」は、薬剤師や登録販売者の配置シフトに準じるため、夜間帯（概ね21時以降）は一部医薬品の販売が制限されます。深夜に風邪薬や専門薬を求めて来店する場合は、事前に電話等で登録販売者の在席状況を確認するのが確実です。
また、年末年始の営業時間に関しては、例年元日を含めて無休で営業を継続する体制が定着しています。ただし、12月31日の大晦日から1月3日の三が日にかけては、地下食料品売場の開店時間が前倒し（朝7:00〜）になったり、テナント各店の閉店時間が繰り上がったりする特別シフトが敷かれます。年末の買い出しピークである12月29日〜31日は、店内全域が終日激しい混雑となるため、早朝8時台または夜21時以降のオフピーク来店が推奨されます。
