日教組が長年にわたり保守層や世論から厳しい目を向けられてきた背景には、その先鋭的なイデオロギーと学校現場への政治運動の持ち込みに対する強い抵抗感があります。
批判の象徴的な論点となってきたのが、入学式や卒業式における「日の丸・君が代（国旗・国歌）」への反対運動です。日教組は「日の丸や君が代はかつての軍国主義や侵略戦争の象徴であり、起立斉唱の強制は憲法が保障する思想・良心の自由に反する」と主張し、長年反対の立場を取ってきました。
しかし、1999年に「国旗国歌法」が成立し、学習指導要領でも適切な指導が義務付けられた後も一部の教員が起立を拒否したことに対し、「教育現場に特定の政治的主張を持ち込み、厳粛な式典を混乱させている」との厳しい批判が相次ぎました。また、偏向した歴史教育を行っているのではないかという疑念や、学校現場で組合員が非組合員の同僚へ圧力をかけていた過去の事例なども、組織への不信感を増幅させる要因となりました。
