教団衰退の決定打となったのが、パーフェクトリバティー教団の後継者問題です。PL教団は開祖・御木徳一氏（初代）、徳近氏（2代目）、そして1980年に就任した貴日止氏（3代目）へと、代々「御木家」の血統による世襲で霊的指導者「教主（おしえおや）」の地位が引き継がれてきました。
ところが、2020年12月5日、3代目教主の御木貴日止氏が62歳で急逝します。死因は病気（急性心不全など）と伝えられていますが、教団内での公式発表や情報の開示は極めて抑制的でした。何より重大だったのは、貴日止氏に実子がおらず、明確な後継者（次代教主）を指名しないまま世を去った点です。
PL教団の教理において、教主は信者の悩みに対して個別の生活指針（「みしらせ」に対する「みこと」）を降ろす唯一無二の絶対的霊能者と位置づけられています。教主が不在ということは、教団の信仰システムそのものの心臓部が停止したことを意味しました。
『週刊現代』や『FRIDAY』などの報道によると、貴日止氏の逝去後、教団の実権を掌握したのは未亡人である美智代氏でした。しかし、血統による承継を重んじる古参幹部や信者らとの間で激しい主導権争いが勃発。「教主代行」としての権力行使や人事介入に対し、教団幹部の離反、教団職員の整理解雇、信者離れが加速し、事実上の「お家騒動」へと発展したのです。最高指導者を欠いたまま年月が経過したことで、組織の求心力低下はもはや修復不可能なレベルに達しています。
