本庁執行部への不信は、ついに全国的な知名度を誇る有力神社の「離脱ドミノ」へと発展した。その象徴となったのが、香川県に鎮座する「こんぴらさん」こと金刀比羅宮の離脱である。
金刀比羅宮は大嘗祭に関わる本庁側の対応や組織運営の不透明さに異議を唱え、包括関係を解消して単立神社となる道を選んだ。これに留まらず、栃木県の日光東照宮や福岡県の宗像大社、京都の貴船神社など、歴史ある有力社が過去から現在にかけて本庁からの独立や離脱を検討・実行している。
背景にあるのは、本庁に納める多額の負担金（上納金）に見合うだけの恩恵や透明性が組織にないという切実な不満だ。氏子や崇敬者からの浄財が、中央の利権争いや法廷闘争の費用に費やされているのではないかという疑念が、地方の離脱決断を後押ししている。
