非常に便利な庄内空港連絡バスですが、旅行者が誤認しやすいポイントや利用時の注意点も存在します。トラブルを避けるために以下の3点は事前に把握しておきましょう。
1. 酒田発と鶴岡発を取り違えない
空港から市内へ向かうルートは酒田方面と鶴岡方面で完全に分離しています。「酒田へ行きたいのに鶴岡行きに乗ってしまった」というミスを防ぐため、乗車前にバス前面の行先表示板と乗り場番号を必ず確認してください。
2. 空港経由で「酒田〜鶴岡」の都市間移動はできない
「空港バスを使って酒田駅から鶴岡駅へ移動できるか」という疑問が見られますが、庄内空港連絡バスは空港利用者を対象とした運行ダイヤとなっています。酒田と鶴岡の間を直接移動したい場合は、JR羽越本線（特急いなほ・普通列車）または庄内交通の都市間路線バスを利用するのが鉄則です。
3. 市内から空港へ向かう便は定刻発車が厳格
空港発の便は飛行機の遅延に合わせて出発が遅れますが、市内（酒田駅前や鶴岡エスモール）から空港へ向かう便は定刻通りに出発します。乗り遅れた場合、後続便は次のフライト用まで存在しないため、余裕を持ってバス停に到着しておく必要があります。
