かつて新快速は、東海旅客鉄道（JR東海）の管轄である東海道本線の大垣駅や名古屋方面へも定期的に直通運転を行っていました。しかし近年のダイヤ改正を経て、運用効率化や輸送障害時の影響分離を目的に、境界駅である米原駅での系統分割が進みました。
現在、日中時間帯の新快速は基本的に米原駅までの運行となっており、JR東海エリア（大垣・岐阜・名古屋方面）へ向かう場合は米原駅でJR東海の普通・快速列車へ乗り換える形が基本ダイヤとなっています。米原駅での同一ホーム乗り換えはスムーズに設計されているものの、直通感覚で乗り続けることはできなくなっている点には注意が必要です。
また、北陸新幹線の敦賀延伸に伴うダイヤ改正以降、北陸本線区間の新快速は敦賀駅で新幹線やハピラインふくい線と接続する重要なアクセスランナーとしての役割が一段と強調されるようになりました。広域ネットワークの結節点としての機能は、時代とともにアップデートを続けています。
