同志社高校の受験難易度は、京都府内の私立高校においてトップクラスに位置します。大手進学塾の公開データによると、合格目標となる偏差値は71（普通科）。洛南高校や洛星高校といった難関進学校と並び、学力上位層が激しい競争を繰り広げる激戦区となっています。
一般入試における実質倍率は例年2.0〜2.5倍前後を推移しており、私立高校入試としては非常に高い競争率です。入試は国語・数学・英語・理科・社会の5教科（各100点・計500点満点）で実施されますが、合格最低点は年度の難易度によって330点〜360点（得点率約68〜72%）が目安となります。ケアレスミスが命取りになるだけでなく、記述問題での論理的な説明力が合否の分かれ目です。
推薦入試（専願）を利用する場合でも、中学校での高い内申点（評定合計42〜45程度）が求められ、中学校側での事前相談段階から厳しいハードルが設定されています。
