普段は防犯・安全上の理由から非公開となっている地下遺構だが、2026年現在も文化イベントや地域アートプロジェクトと連携した限定公開プログラムが継続的に実施されている。2026年最新の見学ツアーでは、地上出入口のドーム内部の見学に加え、安全対策が施された地下ギャラリースペースへの入場が完全事前予約制（抽選制）で案内されている。
見学の最大のハイライトは、中谷俊治が設計した吹き抜けのドーム構造を内側から鑑賞できる特設エリアと、改札横に設置されたアーカイブラウンジだ。東京国立博物館や東京都恩賜上野動物園の協力のもと、開業当時の写真資料や手書きの乗車券類が特別展示されており、歴史的なロマンを肌で体感できる。抽選倍率は依然として高いが、公式のイベント告知サイトや東京都の文化財情報を定期的に確認することが参加への鍵となる。
