指原莉乃の学歴を語る上で欠かせないのが、大分県大分市で過ごした中学時代から東京への転機です。彼女の出身高校は「日出高校」(現在の目黒日本大学高校)であり、アイドル活動と学業を両立させるために選ばれた進路でした。
しかし、単なる「芸能界への憧れ」だけで上京を決めたわけではありません。指原自身が著書『逆転力〜ピンチを待て〜』や過去のドキュメンタリー番組で赤裸々に告白している通り、地元の大分市立王子中学校時代、彼女は深刻ないじめと不登校を経験していました。教室で孤立し、中学3年生の後半には不登校状態に陥っていた彼女にとって、熱中していたハロー!プロジェクトのアイドル文化だけが精神的な支えでした。
そんな折、2007年10月に開催された「AKB48 第五期研究生オーディション」に合格。彼女にとって東京行きは、単なる芸能界デビューではなく、「息苦しい地元から脱出し、人生をリセットするための切実な脱出劇」だったと当時の手記でも振り返られています。中学卒業と同時に母を説得して上京し、2008年4月に芸能コースを持つ日出高校へと進学しました。