風評被害やリスクの一方で、アルカリイオン水が公的機関から効果を認められた製品であることも紛れもない事実です。日本の医薬品医療機器等法（旧薬事法）において、家庭用電解水生成器（JIS T 2004）が生成するアルカリ性電解水は、「胃腸症状の改善」を目的とする管理医療機器として正式に認証されています。
厚生労働省の認可を受けた試験データや日本機能水学会の知見によれば、日常的に飲用することで以下の自覚症状に対する有意な改善が認められています。
【認められている主な効能効果】
・胃もたれや胃の不快感をやわらげる
・胃腸の働きを助け、お通じを良好にする
・慢性下痢や消化不良、胃酸過多の自覚症状を緩和する
メカニズムとしては、弱アルカリ性の水が胃酸過多による胃壁への過度な刺激を緩和し、腸内発酵を抑制することで異常なガス発生や蠕動運動の乱れを整えると考えられています。特に慢性的な便秘傾向にある人からは「長年の悩みが解消された」という臨床報告も多数存在します。
ただし、表裏一体のデメリットとして、過敏性腸症候群（IBS）の下痢型の人や胃酸減少症（無酸症）の人が飲むと、かえって症状が悪化して水様便や激しい腹痛を引き起こす事例があります。体に良いからと体質を無視して無理に摂取を続ける行為は、明確な逆効果を生むことを知っておく必要があります。
