結婚後、清水美沙は二人の子供に恵まれました。2001年に長女、2003年に長男を出産し、一男一女の母として本格的な子育て期に入ります。
子育ての期間中は「子供たちが小さいうちはそばにいて愛情を注ぎたい」という強い信念のもと、仕事を大幅にセーブ。アメリカの現地校に通う子供たちの学校行事やスポーツのサポート、日々の食事作りなど、一般的な母親と何ら変わらない家庭中心の日常を過ごしました。日米双方の文化や言語を大切に教え育てるバイリンガル子育てにも尽力しています。
2020年代に入り、長女・長男ともに20歳を超えて成人を迎えました。子供たちが立派に独立・自立したことで、子育てという大きな肩の荷が下り、現在は自分自身の時間や女優としての表現活動により柔軟に向き合える環境が整っています。
