野球部の衰退を語る上で欠かせないのが、母体であるパーフェクト リバティー教団の存在だ。創立以来、「人生は芸術である」という教義のもと、PL学園高等学校の野球部を教団の象徴として大々的に支援してきた。しかし、時代の移り変わりとともに教団の運営方針やスポーツに対する価値観にも変化が生じる。
過熱する勝利至上主義や不祥事に対する世間の風当たり、さらには生徒数の減少に伴い、教団側は野球部を特別視する従来の路線を見直さざるを得なくなった。学校側の安全面や教育方針の転換、そして教団の理念再構築が重なった結果、野球部の存続に向けた熱量は急速に失われていったのである。