私立高校への進学を検討するにあたり、最も現実的なハードルとなるのが学費負担です。木更津総合高校では、成績優秀者を対象とした木総 学費 特待生 制度が整備されています。
特待生制度には主に「学業特待」と「部活動（一芸）特待」が存在し、学業特待においては入学試験の成績上位者、あるいは中学校時代の内申点基準を満たした生徒に対して「S特待（入学金・授業料全額相当給付）」「A特待（授業料半額給付）」などのランクが設定されています。特に特進コースの受験生には特待認定が下りる枠が手厚く確保されており、公立トップ校の併願として受験した層が特待生権利を獲得したことで、「手厚い進学指導と学費免除」を理由に木総特進を選択するケースも珍しくありません。
2026年現在、国および千葉県の私立高等学校授業料実質無償化制度（就学支援金・授業料減免）の拡充が進んだことで、世帯年収に応じた負担軽減は過去最も手厚くなっています。これに学校独自の特待生免除を組み合わせることで、公立高校進学と大差ない実質負担額で私立の手厚いICT環境や進学講習を享受することが可能となっています。
