新千歳空港保安検査やり直しが決断された瞬間から、ターミナルはまさにパニック状態に陥りました。すでに搭乗口を通過し機内で出発を待っていた乗客まで降機させられ、一般ロビーへ戻される事態となったためです。
新千歳空港保安検査場混雑はピークに達し、検査待ちの列はターミナルビルの端から端まで数百メートルにわたって蛇行。再検査が始まったものの、処理能力を遥かに超える旅客が殺到したため、1人あたり数時間の待機を強いられました。真夏の熱気と空調の追いつかないロビーで、体調を崩す高齢者や泣き叫ぶ子どもの姿があちこちで見られました。
このトラブルによる新千歳空港欠航遅延影響は、新千歳空港単体にとどまらず、羽田や伊丹、福岡など全国の主要空港へと連鎖しました。航空機材のやり繰りがつかなくなり、乗務員の法定勤務時間を超過する便が続出したためです。
夜になっても遅延は解消せず、最終便の出発は日付を跨いだ深夜にまでずれ込みました。新千歳周辺のホテルは満室となり、空港運営会社から毛布や飲料水が配布されるなど、大規模自然災害時に匹敵する混乱が生じたのです。