梅ジュースの仕込み中に泡が発生する現象は、食品衛生学的には「野生酵母（天然酵母菌）によるアルコール発酵」として説明されます。新鮮な生の青梅や完熟梅の果皮には、もともと無数の酵母菌が付着しています。氷砂糖が溶けて梅のエキスが抽出される過程で、酵母菌がシロップ中のショ糖（糖分）をエサとして取り込み、二酸化炭素（炭酸ガス）と微量のアルコールへと分解します。このとき発生した炭酸ガスが、瓶の中で気泡となって現れるのが泡立ちの直接的なメカニズムです。
日本食品微生物学会等の研究資料や現場の実態データが示す通り、酵母菌は室温25℃以上になると爆発的に増殖します。特に近年の温暖化傾向により、梅仕事のシーズンである5月下旬〜7月上旬は室内の気温・湿度が想定以上に跳ね上がりやすくなっています。「砂糖が完全に溶けきる前に気温が28℃を超えた」「瓶を揺する回数が少なく、底に砂糖が溜まって上層部の糖度が低い状態が続いた」といった環境下では、浸透圧による静菌作用が追いつかず、梅エキス抽出泡立ち理由の筆頭となる急激な発酵が引き起こされます。
また、発酵が進むと炭酸ガスとともにエタノールが生成されるため、フタを開けた瞬間にツンとしたワインやシードルのような香気（梅ジュースアルコール臭）が立ち込めます。これは腐敗菌による腐敗ではなく、純粋な生物学的発酵反応であるため、この段階であればシロップ自体が毒性を持っているわけではありません。
