事件の発生に伴い、現場となった東日本旅客鉄道（JR東日本）の北陸新幹線および在来線各線では、安全確保を最優先とした緊急措置が講じられた。鉄道事業を預かる現場スタッフは、警察からの連絡を受けると同時にホーム上の安全点検を実施。不審物の有無や施設内の損壊状況を徹底的に確認した。
一時は改札口の入場制限が敷かれ、運行ダイヤに一部遅れが発生したものの、身柄確保の一報と安全確認の完了を受けて段階的に通常運行への復帰が進められた。JR東日本は駅構内の警備員配置を急遽増員。利用客に対して冷静な行動を呼びかけるアナウンスを繰り返し放送するなど、二次被害防止に向けた危機管理体制が迅速に機能した。
