無事にフリーザーの捕獲を果たした後、あるいは目的を達成した後に直面するのが「ダンジョンからの脱出」という第2の試練だ。ふたごじまは上下5層に及ぶ多層構造であり、梯子と穴の位置関係が非常に複雑に絡み合っているため、初見では容易に迷子になってしまう。
最短で地上へ脱出するルートは、地下4階のフリーザーがいた場所から水路を上方向（北側）へ「なみのり」で進み、右手に見える陸地の梯子を目指すのが最善だ。この梯子を登ると地下3階の東側エリアに出て、そのまま道なりに設置された上り梯子を順に乗り継いでいくことで、複雑なパズルを再解読することなく一気に地上口（グレンタウン側またはセキチクシティ側の出口）へと抜け出すことができる。念のために「あなぬけのヒモ」や「あなをほる」を覚えたポケモンを同行させておけば、瞬時に脱出可能でありリスク管理としても完璧だ。
