歴史の教科書に記された新選組副長・土方歳三の最期は、明治2年（1869年）5月11日、箱館の一本木関門付近で敵の銃弾を腹部に受けての戦死です。享年は数え年で35歳。遺体の埋葬地は五稜郭内とも称名寺とも伝えられますが、現在に至るまで正確な場所は特定されていません。『ゴールデンカムイ』はこの「遺体が見つかっていない」という歴史の空白を最大の跳躍台に据え、稀代の軍略家を明治後期の北海道へと蘇らせました。
作中における土方歳三の経歴は、五稜郭陥落の混乱期から始まります。史実と異なり致命傷を免れた土方は、旧幕府軍の敗北後に新政府によって秘密裏に捕縛されていました。明治政府は「新選組の象徴」を公開処刑することで旧幕府勢力の反抗熱が再燃することを恐れ、彼を公式には「戦死」として処理。身元を隠したまま、極寒の網走監獄へと送り込んだのです。
網走監獄の典獄（刑務所長）である犬童四郎助は、箱館戦争で兄を土方に討たれた私怨を抱えていました。犬童は土方を処刑するのではなく、光すら届かない暗黒の地下牢に約30年間にわたって不法監禁し、その肉体と精神が衰え朽ちていく屈辱を与えようと画策します。しかし、土方の闘志は微塵も揺らぎませんでした。看守らの監視を掻い潜りながら鍛錬を怠らず、後に入獄してきた「のっぺら坊」ことウイルクからアイヌの金塊計画を聞き出すや否や、脱獄囚たちのリーダー格として君臨。刺青の暗号を刻まれた死刑囚たちを率いて集団脱獄を果たし、70代にして再び歴史の表舞台へと躍り出たのです。
