赤味噌と白味噌の最も分かりやすい違いは色調ですが、これは原材料そのものが根本から違うわけではありません。基本となる原材料は大豆、麹（米麹、麦麹、豆麹）、塩であり、大きな分岐点は「大豆の加熱処理方法」と「熟成期間の違い」にあります。
白味噌を作る際は、大豆を水に浸した後に「煮る」工程を取ります。水溶性の成分が煮汁に溶け出すとともに、糖分とアミノ酸の反応が抑えられ、淡い色合いが保たれます。熟成期間はおよそ1週間から数ヶ月と非常に短いのが特徴です。
対する赤味噌は、大豆を「蒸す」工程を選びます。蒸すことで大豆の成分が逃げず、糖分とアミノ酸が高温で反応しやすくなります。さらに数ヶ月から数年単位に及ぶ長期熟成を経る過程で、アミノ酸と糖が結合する「メイラード反応」が進行します。この化学変化によって褐色色素であるメラノイジンが大量に生成され、深みのある濃褐色へと変化していきます。
