底生魚（ベントス食）であるコチを刺身で食べるにあたり、避けて通れないのが寄生虫リスクです。コチのアニサキス・寄生虫の真相について、ネット上では「海底にいる魚だからアニサキスはいない」「泥臭い魚には危険な寄生虫がうじゃうじゃいる」といった極端な言説が散見されますが、これらはどちらも科学的に誤りです。
マゴチはハゼ、メゴチ、キスなどの小魚やエビ・カニを捕食するため、アニサキスの寄生リスクは確実に存在します。特に内臓の表面（肝臓や腸管の周り）に渦巻き状になって付着しているケースが多く見られます。魚が死んで時間が経過すると、アニサキスは内臓から腹腔壁を突き破って身（特に腹側のハラス周辺）へと移行します。
そのため、釣獲後すぐに内臓を抜くこと、そして三枚におろした際に強い光（バックライトや白色LED）にサクをかざして目視確認する「透光検査」が極めて効果的です。また、コチの体表やエラには時折「ウオジラミ」や「ヒジキムシ」などの甲殻類系寄生虫が付着していることがありますが、これらは人間に寄生することはなく、付着部を取り除けば食肉としての安全性に問題はありません。万が一のアニサキス症を防ぐには、生食用のサク取り時に細かく包丁目を入れるか、マイナス20℃以下で24時間以上冷凍する処置が確実です。
